LA FORTILINA, UN GEN DE RESISTENCIA A VIRUS DEL CAMARÓN QUE TAMBIÉN ESTÁ IMPLICADO EN LA RESPUESTA ALÉRGICA AGUDA HUMANA, CONTIENE REPETICIONES A LA RETROTRANSPOSICIÓN Y ES POLIMÓRFICA EN CAMARONES CULTIVADOS Y SALVAJES
Acacia Alcivar-Warren1-2, Natalie Isaksson1-2*, Alexandra Bowen2; Jacqueline Presedo2, Laura Hake2
1Environmental Genomics, Inc., 6 Sunrise Drive, Southborough MA 01772 USA
2Boston College, 140 Commonwealth Avenue, Chestnut Hill, MA 02467; E-mail: [email protected]
1Environmental Genomics, Inc., 6 Sunrise Drive, Southborough MA 01772 USA
2Boston College, 140 Commonwealth Avenue, Chestnut Hill, MA 02467; E-mail: [email protected]
Como parte de nuestros esfuerzos para desarrollar una línea de camarones hipoalergénicos, buscamos polimorfismos en genes causantes de alergias entre especies.1 Fortilin, también conocido como proteína tumoral controlada traslacionalmente (TCTP), p23, y factor de liberación de histamina dependiente de IgE, es una proteína altamente conservada que juega un papel en la adaptación temprana al estrés por calor, la función apoptótica y la respuesta alérgica aguda.2 Fortilin se une al Ca2 + y bloquea la apoptosis dependiente del Ca2 + in vivo.3 Es un crecimiento, ciclo celular y regulado por la glucosa. protein.4 La organización genómica completa de un gen Fortilin de camarón está disponible para Marsupenaeus japonicus5 (Genbank EU294260, 4683 nucleótidos). P. monodon fortilin tiene propiedades antiapoptóticas y está presente en niveles altos durante la aparición de infecciones virales.6 La inyección de rFortilin protege contra la infección por el virus del síndrome de la mancha blanca (WSSV), lo que da como resultado una supervivencia del 80-100% y la detección de niveles muy bajos de WSSV por PCR, mientras que en muestras moribundas los niveles de WSSV eran muy altos. Teniendo en cuenta que los principales alérgenos del camarón son proteínas que controlan el flujo de calcio en el sarcoplasma muscular, los niveles de calcio son muy variables en los camarones y los ORF similares al WSSV están presentes en el genoma del camarón7, es posible que los elementos transponibles (TE) también influyan en la expresión de alérgenos que se unen al calcio. Los objetivos de este estudio fueron 1) buscar repeticiones de tipo TE en Fortilin (EU294260) y compararlas con las que se encuentran en las secuencias de Fortilin aisladas de bibliotecas genómicas y de ADNc de peneidos, y 2) desarrollar marcadores EST-SSR adecuados para el mapeo de ligamiento . Las búsquedas de Blastn identificaron 11 ARNm de Fortilin en Genbank (4 P. monodon, 2 M. japonicus, 2 Fenneropenaeus chinensis, 1 F. merguiensis, 1 L. vannamei, 1 F. indicus), además de 251 tecnologías ecológicamente racionales de sanos y YHV-, WSSV -, camarones desafiados por TSV y Vibrio harveyi.
Se identificaron varias repeticiones de tipo TE en Fortilin EU294260 usando el software CENSOR (Tabla 1). Hay 214 tecnologías ecológicamente racionales de Fortilin en la base de datos de L. vannamei Unigene (Lva.741) y se expresa en la mayoría de los tipos de tejido (branquias; órgano linfoide; hemocitos; cordón nervioso; hepatopáncreas; pedúnculo ocular, hemolinfa). Las secuencias de Fortilin variaron entre y dentro de las especies de camarones. Los análisis bioinformáticos revelaron que las secuencias de duplicación del sitio objetivo de los retrotransposones de repetición terminal larga (LTR) (AGTT, CGTC), la etiqueta de secuencia de locus único mediada por transposón (GTCT) y el sitio de unión ribosomal GAGGAG de los pseudogenes están presentes en los ADNc de Fortilin. Utilizando el software TEclass, se encontraron varias clases de repeticiones de tipo TE en las 214 tecnologías ecológicamente racionales, incluidos 7 transposones de ADN, 47 retrotransposones LTR, 64 retrotransposones LINE no LTR, 2 SINE y 94 incapaces de clasificar.
Los EST-SSR polimórficos se desarrollaron utilizando cebadores diseñados a partir de dos secuencias EST aisladas de una biblioteca de ADNc de L. vannamei SPF desafiado con TSV (figura 1). Se presentarán alelos informativos preliminares que muestran la variación en camarones silvestres y cultivados, entre líneas de camarones SPF y entre familias de mapeo de recursos y de referencia.
Referencias
1Presedo et al. 2011. IMSEGI Session, Aquaculture America 2011, New Orleans, LA USA, Feb 28-March 3, 2011. Abst. 492. 2Choi et al. 2009.. PLoS ONE 4(6): e5732. 3Graidist et al. 2007. Biochem. J. 408(2):181-91. 4Diraison et al. 2011. Diabetologia 54(2):368-79. 5Chen et al. 2009. Biol Rep. 36(5):1135-40. 6Tonganunt et al. 2008. Fish Shellfish Immunol. 25(5):633-7. 7Plocienniczak et al. 2011. IMSEGI Session, Aquaculture America 2011, New Orleans, LA USA, Feb 28-March 3, 2011. Abs. 497.
Fuente: https://www.was.org/WASMeetings/Meetings/ShowAbstract.aspx?Id=25639
Se identificaron varias repeticiones de tipo TE en Fortilin EU294260 usando el software CENSOR (Tabla 1). Hay 214 tecnologías ecológicamente racionales de Fortilin en la base de datos de L. vannamei Unigene (Lva.741) y se expresa en la mayoría de los tipos de tejido (branquias; órgano linfoide; hemocitos; cordón nervioso; hepatopáncreas; pedúnculo ocular, hemolinfa). Las secuencias de Fortilin variaron entre y dentro de las especies de camarones. Los análisis bioinformáticos revelaron que las secuencias de duplicación del sitio objetivo de los retrotransposones de repetición terminal larga (LTR) (AGTT, CGTC), la etiqueta de secuencia de locus único mediada por transposón (GTCT) y el sitio de unión ribosomal GAGGAG de los pseudogenes están presentes en los ADNc de Fortilin. Utilizando el software TEclass, se encontraron varias clases de repeticiones de tipo TE en las 214 tecnologías ecológicamente racionales, incluidos 7 transposones de ADN, 47 retrotransposones LTR, 64 retrotransposones LINE no LTR, 2 SINE y 94 incapaces de clasificar.
Los EST-SSR polimórficos se desarrollaron utilizando cebadores diseñados a partir de dos secuencias EST aisladas de una biblioteca de ADNc de L. vannamei SPF desafiado con TSV (figura 1). Se presentarán alelos informativos preliminares que muestran la variación en camarones silvestres y cultivados, entre líneas de camarones SPF y entre familias de mapeo de recursos y de referencia.
Referencias
1Presedo et al. 2011. IMSEGI Session, Aquaculture America 2011, New Orleans, LA USA, Feb 28-March 3, 2011. Abst. 492. 2Choi et al. 2009.. PLoS ONE 4(6): e5732. 3Graidist et al. 2007. Biochem. J. 408(2):181-91. 4Diraison et al. 2011. Diabetologia 54(2):368-79. 5Chen et al. 2009. Biol Rep. 36(5):1135-40. 6Tonganunt et al. 2008. Fish Shellfish Immunol. 25(5):633-7. 7Plocienniczak et al. 2011. IMSEGI Session, Aquaculture America 2011, New Orleans, LA USA, Feb 28-March 3, 2011. Abs. 497.
Fuente: https://www.was.org/WASMeetings/Meetings/ShowAbstract.aspx?Id=25639